Su clásico rival de la ciudad, con el que disputa el Clásico paisa, es el Independiente Medellín, a quien, de los 266 clásicos jugados, le ha ganado 109, han empatado 83 veces, y ha perdido en 74 oportunidades.[6] [7] [8] Además, disputa grandes clásicos con Deportivo Cali, Santa Fe y Once Caldas, ya que éste último también fue campeón de la Copa Libertadores. De igual manera, Atlético Nacional sostiene unas fuertes rivalidades con Millonarios y América de Cali.
Ha ganado diez veces el título de la Primera A. En el ámbito internacional, fue el primer campeón colombiano de la Copa Libertadores de América en 1989,[9] campeón de la Copa Interamericana en 1990 y 1997, y de la Copa Merconorte en 1998 y 2000. Ha sido subcampeón de la Copa Intercontinental en 1989, de la Copa Libertadores en 1995, de la Copa Sudamericana en 2002, y de la Recopa Sudamericana en 1990. Estos títulos le han valido el calificativo de Rey de Copas Colombiano.[9]
Los colores que identifican al club son el blanco y el verde, aunque en un principio fueron el rojo y el verde. Además del negro que se ha utilizado en algunas temporadas. En lo que respecta a su escudo, ha mantenido los colores de la bandera del departamento de Antioquia, así mismo como su bandera.
En el ranking de los mejores clubes sudamericanos del siglo XX publicado por IFFHS se ubica el club en el puesto 13,[10] siendo el segundo equipo colombiano por detrás del América de Cali (9º) y por delante del Deportivo Cali y Millonarios. En el ranking Mundial de Clubes del Siglo XXI (2001-2010) aparece en el lugar 87º, siendo el primer equipo colombiano y junto con América de Cali los únicos colombianos en el top 100[11] En el actual Ranking Mundial de Clubes realizado por IFFHS aparece en el puesto 296 en el top 350
